5．2．5 加工单位排放废弃物必须达到相应标准。
5．2．6 允许使用二氧化碳和氮作为包装填充剂。
5．2．7 禁止在食品加工和贮藏过程中采用离子辐射处理。
5．2．8 禁山在食品加工中使用石棉过滤材料或可能被有害物质渗透过的过滤材料。
5．3 有害生物防治
5．3．1 有机食品加工场所必须干净、整洁，不受有害动物或昆虫的侵扰。
5．3．2 应通过加强加工场所的卫生管理来控制虫害，彻底消除害虫的孳生条件。
5．3．3 允许使用机械类的、信息素类的、气味类的、粘着性的捕害工具、物理障碍、硅藻土、声光电器具，作为防治害虫的设施或材料。
5．3．4 允许使用以维生素D为基本有效成份的杀鼠剂。
5．3．5 可以使用附录B中允许或限制使用的物质。
5．3．6 在加工贮藏场所遭受害虫严重侵袭的紧急情况下，提倡使用中草药进行喷雾和熏蒸处理；限制使用硫磺。
5．3．7 禁止使用持久性和致癌性的农药利消毒剂。
6 贮藏和运输
6．1 贮藏
6．1．1 有机产品在贮存过程中不得受到其他物质的污染，要确保有机认证产品的完整性。
6．1．2 贮藏产品的仓库必须干净、无虫害，无有害物质残留，在最近一周内未用任何禁用物质处理过。
6．1．3 除常温贮藏外，允许以下贮藏方法：
a．贮藏室空气调控
b．温度控制
c．干燥
d．湿度调节
6．1．4 有机产品应单独存放。如果不得不与常规产品共同存放，必须在仓库内划山特定区域，采取必要的包装、标签等措施确保有机产品不与非认证产品混放。
6．1．5 产品出入库和库存量必须有完整的档案记录，并保留相应的单据。
6．2 运输
6．2．1 运输工具在装载有机产品前应清洗干净。
6．2．2 有机产品在运输过程中应避免与常规产品混杂和受到污染。
6．2．3 在运输和装卸过程中，外包装上的有机认证标志及有关说明不得被玷污或损毁。
6．2．4 运输和装卸过程必须有完整的档案记录，并保留相应的单据。
7 包装和标识
7．1 包装
7．1．1 提倡使用由木、竹、植物茎叶和纸制成的包装材料，允许使用符合卫生要求的其他包装材料。
7．1．2 包装应简单、实用，避免过度包装，并应考虑包装材料的回收利用。
7．2 标识
7．2．1 国家环境保护总局有机食品标志是注册证明商标，获得国家环境保护总局认可的有机食品认证机构认证的产品可以使用此标志。
7．2．2 对加工产品，如果获得认证的原料在终产品中所占的比例在95％以上，并且是由国家环境保护总局认可的有机食品认证机构认证的设施加工和包装的，可以标识为“有机”并使用国家环境保护总局有机食品标志；如果获得认证的原料在终产品中所占的比例不足95％，但超过70％，可以用文字描述获得认证的原料及其所占的比例，但不能标识为“有机”和使用国家环境保护总局有机食品标志。
7．2．3 由多种原料加工成的产品，必须在产品的外包装上按照由多到少的顺序逐一列出各种原料的名称及所占的重量百分比，并注明哪些是通过有机认证的。
7．2．4 获得有机转换认证的产品必须在包装上明确注明为有机转换产品。
7．2．5 在产品的外包装上必须标明生产或加工单位的名称、地址、认证证书号、生产日期及批号。
7．2．6 动物配合饲料的标签上应消楚地标明适用的畜禽种类和用途，及是否已证明营养充足。
7．2．7 产品标识不能错误诱导消费者。
7．2．8 在产品的外包装上印刷标志或说明的油墨必须无毒、无刺激性气味。
7．2．9 有机食品标志在使用时仅可等比例放大或缩小，不可变形或变色。
