2000年6月10日，日本颁布并开始实施修改后有机农产品及有机农产品加工食品的JAS标准。有机农产品要求必须在3年以上不使用化肥和农药；加工食品中使用95%以上的有机农产品才能标出经过认证的有机农产品标志。遗传基因转换技术生产的食品不被承认是有机食品。如通过基因转换技术栽培的大豆等，即使是3年以上不使用化肥和农药也不被承认为有机食品。有机食品资格认证事务由农水省注册的日本国内认证机构批准。
此外，日本发现疯牛病以后，消费者对食品安全日益关注。为此，日本农水省决定，自2002年起对肉、蛋等畜产品也实施“有机食品”认证制度。对用有机饲料喂养，未使用抗生物质的牛和鸡制作的食品给予“有机食品”的认证。
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注：本文节选自：《是技术性措施 还是新贸易壁垒》 http://www.mofcom.gov.cn/aarticle/s/200608/20060802811656.html
